El debilitamiento del Conahcyt no sólo ha sido presupuestario, sino también funcional. Hace diez años el Consejo operaba once programas presupuestarios para inversión en ciencia, tecnología e innovación, de los que sólo sobreviven tres: dos que están en crisis (SNI y Becas de Posgrado) y uno (Pronaces) que opera con los escasos recursos que restan tras cubrir los prioritarios.